Tot institutionele bibliotheken - eigendom van een kerkelijke of overheidsinstelling - worden in deze periode gerekend: kerkelijke bibliotheken en kloosterbibliotheken, stadsbibliotheken, schoolbibliotheken en universiteitsbibliotheken. De laatste categorie hoeft hier niet besproken te worden, omdat pas in 1586 de eerste universiteitsbibliotheek in de Nederlanden werd opgericht, namelijk te Leiden.

In de zestiende eeuw werden in verscheidene steden stadsbibliotheken gesticht (Hoorn 1535, Deventer 1560, Amsterdam 1578, Alkmaar 1594), vanuit de gedachte dat bibliotheken toegankelijk zouden moeten zijn voor alle geïnteresseerde leden van de Republiek der Letteren. De term 'Bibliotheca Publica' betekent overigens niet dat een boekerij openbaar toegankelijk was, slechts dat zij tot een kerkelijke of overheidsinstelling behoorde. Toegang werd alleen verleend aan ontwikkelde, academisch gevormde mannen.

Latijnse scholen hadden meestal een kleine boekencollectie; de docenten gebruikten waar mogelijk de stadsbibliotheek.

Rond 1500 telde Nederland enige honderden kloosterbibliotheken, waarvan de meeste niet meer dan enkele tientallen boeken zullen hebben bevat. De belangrijkste waren die van de kartuizerkloosters en van de huizen van de moderne devotie: de bibliotheek van het Heer Florenshuis in Deventer, waarschijnlijk de grootste verzameling in het land, telde rond 1500 meer dan duizend banden met zowel handschriften als gedrukte werken. Veel bibliotheken zijn met hun boekenbezit in vlammen opgegaan of anderszins verwoest tijdens de Nederlandse Opstand. Een van de schaarse bewaard gebleven collecties is de bibliotheek van het kartuizerklooster Nieuwlicht bij Utrecht. Andere verzamelingen zijn na de Reformatie geconfisqueerd en naar stedelijke of universiteitsbibliotheken overgebracht.

Gedwongen door geringe budgetten zochten bibliothecarissen mecenassen die geld of boeken gaven waarmee de collecties konden worden aangevuld. In catalogi prijkten voorin dikwijls de namen van donateurs met de vermelding van de boeken die zij geschonken hadden. Ook in de boeken zelf werd de schenking genoteerd.

De bibliotheekbezoekers moesten vaak allerlei ongerief voor lief nemen wanneer zij collecties wilden raadplegen: een lange route via gangen en trappen, omdat bibliotheken dikwijls op bovenverdiepingen van kerken of kloosters waren ondergebracht, onverwarmde ruimtes met weinig licht en slecht meubilair, waardoor er meestal staande moest worden gewerkt. De naslagwerken stonden vaak opgesteld in kasten waaraan zij met kettingen waren bevestigd, waardoor het tegelijk raadplegen van verscheidene boekdelen werd bemoeilijkt. Meestal bleven de openingstijden beperkt tot enkele uren per week.

Catalogi of inventarissen bestonden in de hier besproken periode als handgeschreven lijsten, die alleen ter plekke konden worden geraadpleegd. Behalve catalogi in boekvorm legde men ook wandcatalogi aan of bevestigde men aan de kasten lijsten van de boeken die in een bepaalde kast waren opgesteld.