De explosieve toename van de beschikbaarheid van informatie ten gevolge van de introductie van de boekdrukkunst baarde de kerkelijke en wereldlijke overheid overal in Europa spoedig grote zorgen. Men was bang voor een ongebreidelde verspreiding van kennis en ideeën, waardoor de bestaande orde in gevaar kon komen. Reeds in 1475 gaf de paus aan de Keulse universiteit het recht om schrijvers, uitgevers, drukkers en lezers aan censuur te onderwerpen. In 1487 volgde een pauselijke bul, waarin de publicatie van boeken zonder toestemming van de kerkelijke autoriteiten werd verboden.

In hoeverre dergelijke vroege censuurmaatregelen ook in de Nederlanden effect sorteerden, is onbekend. Van een coherent beleid was in ieder geval pas sprake na de uitvaardiging van de pauselijke bul Exsurge domine uit 1520. Hierin werd krachtig stelling genomen tegen de ketterse opvattingen van Maarten Luther en werd het drukken, verspreiden en lezen van zijn geschriften ten strengste verboden. Deze bepalingen werden een jaar later door de landsheer, keizer Karel V, overgenomen, waarna een hele reeks van plakkaten volgde tegen ketterse boeken en vertalingen van de bijbel. Hierin werd onder meer vastgelegd dat drukkers hun te drukken teksten moesten laten goedkeuren door een kerkelijke censor. Vervolgens moest een octrooi worden aangevraagd bij de gewestelijke of nationale overheid. Zowel approbatie als octrooi moesten in het werk worden afgedrukt. Ook was men verplicht om iedere uitgave te voorzien van de naam van de auteur en het adres van de drukker en moest men een eed van gehoorzaamheid zweren. Wat betreft de distributie mochten alleen officieel geregistreerde boekverkopers een boekhandel houden; zij moesten in hun winkel een exemplaar van de Index ophangen en voorraadlijsten overleggen aan de autoriteiten. De verkoop van pamfletten, liedjes en almanakken was eveneens verboden.

De straffen waren vanaf het begin niet mals: in beslag genomen boeken werden verbrand; drukkers en boekverkopers kregen vaak zware boetes opgelegd of werden uit hun woonplaats verbannen. Enkelen werden zelfs ter dood gebracht. Onder hen was de hervormde Antwerpse drukker en boekverkoper Adriaen van Berghen. Na diverse veroordelingen voor het uitgeven en verkopen van ketterse boeken was hij gevlucht naar Holland waar hij in verschillende steden actief was. Uiteindelijk werd hij in 1542 in Den Haag onthoofd.

Toch was het lang niet altijd mogelijk om de identiteit van de drukkers en uitgevers van verboden geschriften te achterhalen. Veel uitgaven verschenen zonder of met een vals impressum en jaartal. Drukkers verhuisden ook regelmatig om opsporing te ontlopen. Sommigen vestigden zich buiten het grondgebied van de Nederlandse gewesten. Emden, net over de Duitse grens, was een belangrijke vrijplaats voor protestantse drukkers en boekverkopers, van waaruit de Nederlandse markt met bijbels en andere ketterse uitgaven werd bediend.

Het aantreden van koning Philips II in 1555 betekende geen verlichting van de censuur. Integendeel, nieuwe en strengere wetten werden uitgevaardigd teneinde de toenemende godsdienstige en politieke onrust de kop in te drukken. Zo werd in 1570 de functie van prototypographus, toezichthouder van drukkerij en uitgeverij, ingevoerd. Christoffel Plantijn was de eerste en laatste die dit ambt bekleedde; in 1576 werd het alweer afgeschaft.

Door de felle kettervervolging onder Philips II veranderde de niet zelden weifelachtige houding van de lokale autoriteiten ten opzichte van het centrale censuurbeleid steeds vaker in openlijke tegenwerking. Stedelijke eigengereidheid speelde hierbij een rol, maar ook tolerante humanistische opvattingen en protestantse sympathieën bij de bestuurlijke bovenlaag waren van invloed. In Vianen bood de lokale heer, Hendrik van Brederode, in de jaren zestig persoonlijke bescherming aan ketterse drukkers. Toen in 1579 de opstandige noordelijke gewesten besloten tot een politiek samenwerkingsverband onder leiding van Willem van Oranje en twee jaar later Philips II officieel werd afgezworen, was het met de Habsburgse censuur gedaan. Dit betekende echter geenszins dat in de Nederlandse Republiek voortaan vrijheid van drukpers zou bestaan.